Na observatoři se od jejího založení provádějí standardní klimatická pozorování, od roku 1978 i každé tři hodiny měření synoptická, která jsou odesílána do mezinárodní výměnné sítě. Observatoř slouží především k výzkumu mezní vrstvy atmosféry. Jedná se o nejstarší pracující stožárovou stanici na území ČR. Je vybavena 80 m vysokým stožárem pro měření vertikálních profilů větru, teploty a vlhkosti vzduchu. Měření se provádějí ve čtyřech patrech ve výškách 20, 40, 60 a 80 metrů. V roce 2014 byl stožár díky projektu CzechGlobe osazen sonickými anemometry, které měří proudění jak v horizontálním, tak i vertikálním směru.
Od roku 2000 je observatoř vybavena automatickou meteorologickou stanicí firmy Vaisala. Automaticky se ukládá měření relativní vlhkosti vzduchu, směru a rychlosti větru, délky slunečního svitu, teploty vzduchu ve 2 m a v 5 cm, půdních teplot v hloubkách 5, 10, 20, 50 a 100 cm, srážkových úhrnů, tlaku vzduchu a horizontální dohlednosti. Pro kontrolu se provádí stále manuální měření v meteorologické budce. V roce 2015 byl stejně jako na Milešovce nahrazen staniční přístroj PWD21 pro měření dohlednosti novějším typem PWD52.
V minulosti, podobně jako na Milešovce byly i na observatoři Kopisty odebírány vzorky vody z různých typů srážek. V rámci projektu Jezero Most zde probíhala i měření a odběry polétavého prachu.