Oddělení ionosféry a aeronomie zkoumá ionosféru, střední a horní atmosféru. Hlavní témata výzku jsou:
- fyzika ionosféry
- globální změny v horní atmosféře a ionosféře
- stratosféra: ozón a dynamika
- infrazvuková měření
- atmosferická elektřina a globální elektrický obvod
Oddělení se též zabývá vývojem přístrojů pro družicová a pozemní měření:
Oddělení spravuje dvě observatoře:
Observatoř Panská Ves
Observatoř Průhonice
Aktuální měření
Doplerovská měření
Meteorologická měření Panská Ves
Měření elstat. pole Panská Ves
