Meteorologická měření a pozorování probíhají na Milešovce nepřetržitě od roku 1905 (s krátkou přestávkou v roce 1917 a během 2. světové války). Řada meteorologických záznamů patří k nejdelším v ČR. Milešovka je vůbec nejstarší horskou observatoří na území České republiky. Nejstarší měřící přístroje jsou v současné době vystaveny v muzeu přímo na observatoři.
Od počátku měření v roce 1905 do roku 1957 se prováděla měření a pozorování v základních klimatických termínech v 7,14, 21 hodin. Od 1.7. 1957 nastala v pozorování na Milešovce změna, jelikož se zavedla 24-hodinová, nepřetržitá služba, která prováděla měření a pozorování v synoptických pozorovacích termínech (v 0, 3, 6, 9, 12, 15, 18 a 21 hodin UTC). Od roku 1998 se provádějí měření a pozorování každou hodinu.
V srpnu 1997 byla observatoř vybavena automatickou meteorologickou stanicí firmy Vaisala. Ta se využívá k měření teploty a relativní vlhkosti vzduchu, tlaku vzduchu, přízemní dohlednosti, rychlosti a směru větru, teploty půdy v hloubkách 5, 10, 20, 50 a 100 cm, srážkových úhrnů, délky trvání slunečního svitu a výšky základny oblačnosti. Pozorovatelé dále určují množství oblačnosti, typy a charakter oblaků, stav počasí, výšku sněhové pokrývky a další základní meteorologické charakteristiky.
Od roku 1998 se výzkum na observatoři Milešovka specializoval na chemismus a fyzikální vlastnosti usazených srážek. Od jara do podzimu se na observatoři prováděly odběry vzorků vody z nízké oblačnosti (popř. mlhy). V zimním období byly odebírány vzorky námrazy. Odebrané vzorky byly poté dále chemicky analyzovány. Pomocí několika moderních přístrojů (převážně optických) byly také měřeny základní fyzikální charakteristiky nízké oblačnosti (popř. mlhy), jako např. kapalný vodní obsah, spektrum velikosti kapiček, hmotnost námrazy, apod.
Od roku 2007 je na observatoři v provozu experimentální optický spoj o délce 60 metrů mezi vrcholem věže a zahrádkou. Zároveň probíhá měření rychlosti a směru proudění pomocí dvou 3D sonických anemometrů v blízkosti vysílače a přijímače spoje a měření dohlednosti na věži observatoře. Účelem je studium vlivu dohlednosti a větrných turbulencí na kvalitu optického spoje.
V roce 2015 byl nahrazen staniční přístroj PWD21 pro měření dohlednosti novějším typem PWD52, který poskytuje přesnější a detailnější údaje o dohlednosti a typu a množství hydrometeorů v případě výskytu srážek. V roce 2018 přibyl nový ceilometr, přístroj měřící výšky spodních hranic oblačných vrstev nad stanicí.
Od roku 2018 bylo na observatoři instalováno několik špičkových přístojůsloužících k měření oblačných procesů a procesů vedoucích ke vzniku blesku. Prvním přístrojem byl cloudprofiler METEK, který detekuje detailní rozložení oblačných kapek a krystalků ve vertikálním profilu nad stanicí. Druhým přístrojem byl detektor SEVAN, který měří dopadající kosmické záření o kterém se předpokládá, že pomáhá vzniku bleskového kanálu. Dalšími sadou přístrojů byl detektor změny v elektrickém poli atmosféry a detektor magnetického pole. Obě měřené veličiny jsou způsobeny bouřkami procházejícími okolo observatoře. Posledním přístrojem byl oblačný radar FURUNO, který měří trojrozměrné pole oblačných částic v okolí observatoře. Tento radar byl nainstalován na vrcholu věže v říjnu 2020.