| Spolupracující instituce | Stát | Oblast (téma) spolupráce |
| SANSA Space Science, Hermanus | JAR | Kosmické počasí, ionosférické předpovědi |
| ICATE-CONICET, San Juan | Argentina | Výzkum ionosféry |
| Německá meteorologická služba (DWD) | Německo | O výzkumném využití modelu COSMO |
| Institut kosmických výzkumů RAN | Rusko | Výzkum planet sluneční soustavy a blízkého vesmíru, vývoj družicových přístrojů |
| Laboratoire Souterrain a Bas Bruit (LSBB) | Francie | Výzkum elektromagnetických projevů výbojů v atmosféře a jejich vlivu na blízký vesmír |
| Institut kosmických výzkumů BAN | Bulharsko | Výzkum ionosféry a magnetosféry, vývoj družicových přístrojů |
| Institut kosmických výzkumů BAN | Bulharsko | Výzkum vztahů Slunce – Země |
| GGKI MAV, Sopron | Maďarsko | Výzkum ionosféry ve střední Evropě |
| Geodetic and Geophysical Institute, Research Centre for Astronomy and Earth Sciences, Budapest | Maďarsko | Výzkum infrazvuku ve střední Evropě |
Členství v organizacích
Pracovníci ústavu zaujímají některé významné funkce v mezinárodních vědeckých organizacích a poradních sborech: tajemník solar-terrestrial divize EGU pro ionosféru (D. Obrazová), předseda Národního komitétu COSPAR a člen Rady COSPAR (J. Laštovička), člen Národního komitétu COSPAR (O. Santolík), členové národního komitétu SCOSTEP (J. Souček, J. Laštovička, L. Třísková, P. Koucká Knížová), členka Českého komitétu pro geodézii a geofyziku (D. Obrazová), místopředseda pracovní skupiny II.F IAGA/IAMAS (J. Laštovička), místopředsedkyně II. Divize IAGA (P. Koucká Knížová), člen European Academy of Science (J. Laštovička), vice-prezident mezinárodní radiovědní unie URSI (O. Santolík), člen poradní komise ESA Solar System Exploration Working Group (SSEWG, J. Souček), poradce české delegace v ESA Science Programme Committee (SPC, J. Souček), český delegát do rady ESA Space Situational Awareness (J. Urbář), místopředseda WG IRI COSPAR/URSI a tajemník NK COSPAR (V. Truhlík), členové WG IRI COSPAR/URSI (D. Obrazová, V. Truhlík), předsedkyně Českého národního komitétu URSI (I. Kolmašová), členové českého národního komitétu URSI (O. Fišer, D. Kouba, O. Santolík), členové pracovní skupiny VERSIM URSI/IAGA (I. Kolmašová, O. Santolík), člen Atmosphere and Magnetosphere Discipline Group (AMDG) – mise MESSENGER/NASA (P. Trávníček), členové Science and Technology Operations Working Group (STOWG) – mise Proba2/ESA (D. Herčík, F. Hruška, Š. Štverák), člen Science operations working group (SOWG) mise Cluster/ESA (O. Santolík), členka výboru PRODEX pro aktivity ČR v projektech vesmírného výzkumu ESA (P. Koucká Knížová), člen Českého komitétu pro geodézii a geofyziku a národní korespondent IAMAS (P. Sedlák). J. Laštovička je členem Awards Selection Committee SCOSTEP.
J. Laštovička je co-editor časopisu Advances in Space Research, R. Huth je editor-in-chief časopisu International Journal of Climatology. O. Santolík je senior editor časopisu Radio Science Bulletin a editor časopisu Surveys in Geophysics. I. Kolmašová je editor časopsisu Nature Scientific Reports a editor časopisu Earth, Moon, and Planets. D. Obrazová je editor časopisu Annales Geophysicae. Členství v edičních radách: Studia Geophysica et Geodaetica (J. Kyselý), Meteorologické zprávy (M. Kučerová, D. Řezáčová). P. Koucká Knížová byla guest editor zvláštního čísla Journal of Atmospheric and Solar-Terrestrial Physics a je guest editor zvláštního čísla Annales Geophysicae, J. Laštovička je guest co-editor zvláštních čísel časopisů Journal of Geophysical Research a Journal of Space Weather and Space Climate. Z. Sokol je associate editor časopisu Atmospheric Research.